在论文查重率检测中，针对特殊格式的处理方法有多种。一种常见的方法是将特殊格式的内容转换为纯文本，去除格式后再进行查重分析。另一种方法是利用专门的查重软件，支持对特殊格式内容的识别和比对。此外，还可以通过手动调整格式，使得特殊格式内容变得规范化，便于查重处理。

除此之外，还可以通过自定义规则，针对特殊格式内容进行特殊处理，以确保查重的准确性。另外，利用OCR识别技术将特殊格式内容转换为可编辑文本，也是一种常见的处理方法。综合利用多种方法，可以有效应对论文查重率检测中的特殊格式处理挑战。